抄録
Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is a recently-emerged infectious disease that has caused millions of deaths, where comprehensive understanding of disease mechanisms is still unestablished. In particular, studies of gene expression dynamics and regulation landscape in COVID-19 infected individuals are limited. Here, we report on a thorough analysis of whole blood RNA-seq data from 465 genotyped samples from the Japan COVID-19 Task Force, including 359 severe and 106 non-severe COVID-19 cases. We discover 1169 putative causal expression quantitative trait loci (eQTLs) including 34 possible colocalizations with biobank fine-mapping results of hematopoietic traits in a Japanese population, 1549 putative causal splice QTLs (sQTLs; e.g. two independent sQTLs at TOR1AIP1), as well as biologically interpretable trans-eQTL examples (e.g., REST and STING1), all fine-mapped at single variant resolution. We perform differential gene expression analysis to elucidate 198 genes with increased expression in severe COVID-19 cases and enriched for innate immune-related functions. Finally, we evaluate the limited but non-zero effect of COVID-19 phenotype on eQTL discovery, and highlight the presence of COVID-19 severity-interaction eQTLs (ieQTLs; e.g., CLEC4C and MYBL2). Our study provides a comprehensive catalog of whole blood regulatory variants in Japanese, as well as a reference for transcriptional landscapes in response to COVID-19 infection.
| 本文言語 | English |
|---|---|
| 論文番号 | 4830 |
| ジャーナル | Nature communications |
| 巻 | 13 |
| 号 | 1 |
| DOI | |
| 出版ステータス | Published - 2022 12月 |
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「The whole blood transcriptional regulation landscape in 465 COVID-19 infected samples from Japan COVID-19 Task Force」の研究トピックを掘り下げます。これらがまとまってユニークなフィンガープリントを構成します。引用スタイル
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In: Nature communications, Vol. 13, No. 1, 4830, 12.2022.
研究成果: Article › 査読
}
TY - JOUR
T1 - The whole blood transcriptional regulation landscape in 465 COVID-19 infected samples from Japan COVID-19 Task Force
AU - Wang, Qingbo S.
AU - Edahiro, Ryuya
AU - Namkoong, Ho
AU - Hasegawa, Takanori
AU - Shirai, Yuya
AU - Sonehara, Kyuto
AU - Tanaka, Hiromu
AU - Lee, Ho
AU - Saiki, Ryunosuke
AU - Hyugaji, Takayoshi
AU - Shimizu, Eigo
AU - Katayama, Kotoe
AU - Kanai, Masahiro
AU - Naito, Tatsuhiko
AU - Sasa, Noah
AU - Yamamoto, Kenichi
AU - Kato, Yasuhiro
AU - Morita, Takayoshi
AU - Takahashi, Kazuhisa
AU - Harada, Norihiro
AU - Naito, Toshio
AU - Hiki, Makoto
AU - Matsushita, Yasushi
AU - Takagi, Haruhi
AU - Ichikawa, Masako
AU - Nakamura, Ai
AU - Harada, Sonoko
AU - Sandhu, Yuuki
AU - Kabata, Hiroki
AU - Masaki, Katsunori
AU - Kamata, Hirofumi
AU - Ikemura, Shinnosuke
AU - Chubachi, Shotaro
AU - Okamori, Satoshi
AU - Terai, Hideki
AU - Morita, Atsuho
AU - Asakura, Takanori
AU - Sasaki, Junichi
AU - Morisaki, Hiroshi
AU - Uwamino, Yoshifumi
AU - Nanki, Kosaku
AU - Uchida, Sho
AU - Uno, Shunsuke
AU - Nishimura, Tomoyasu
AU - Ishiguro, Takashri
AU - Isono, Taisuke
AU - Shibata, Shun
AU - Matsui, Yuma
AU - Hosoda, Chiaki
AU - Takano, Kenji
AU - Nishida, Takashi
AU - Kobayashi, Yoichi
AU - Takaku, Yotaro
AU - Takayanagi, Noboru
AU - Ueda, Soichiro
AU - Tada, Ai
AU - Miyawaki, Masayoshi
AU - Yamamoto, Masaomi
AU - Yoshida, Eriko
AU - Hayashi, Reina
AU - Nagasaka, Tomoki
AU - Arai, Sawako
AU - Kaneko, Yutaro
AU - Sasaki, Kana
AU - Tagaya, Etsuko
AU - Kawana, Masatoshi
AU - Arimura, Ken
AU - Takahashi, Kunihiko
AU - Anzai, Tatsuhiko
AU - Ito, Satoshi
AU - Endo, Akifumi
AU - Uchimura, Yuji
AU - Miyazaki, Yasunari
AU - Honda, Takayuki
AU - Tateishi, Tomoya
AU - Tohda, Shuji
AU - Ichimura, Naoya
AU - Sonobe, Kazunari
AU - Sassa, Chihiro Tani
AU - Nakajima, Jun
AU - Nakano, Yasushi
AU - Nakajima, Yukiko
AU - Anan, Ryusuke
AU - Arai, Ryosuke
AU - Kurihara, Yuko
AU - Harada, Yuko
AU - Nishio, Kazumi
AU - Ueda, Tetsuya
AU - Azuma, Masanori
AU - Saito, Ryuichi
AU - Sado, Toshikatsu
AU - Miyazaki, Yoshimune
AU - Sato, Ryuichi
AU - Haruta, Yuki
AU - Nagasaki, Tadao
AU - Yasui, Yoshinori
AU - Hasegawa, Yoshinori
AU - Mutoh, Yoshikazu
AU - Kimura, Tomoki
AU - Sato, Tomonori
AU - Takei, Reoto
AU - Hagimoto, Satoshi
AU - Noguchi, Yoichiro
AU - Yamano, Yasuhiko
AU - Sasano, Hajime
AU - Ota, Sho
AU - Nakamori, Yasushi
AU - Yoshiya, Kazuhisa
AU - Saito, Fukuki
AU - Yoshihara, Tomoyuki
AU - Wada, Daiki
AU - Iwamura, Hiromu
AU - Kanayama, Syuji
AU - Maruyama, Shuhei
AU - Yoshiyama, Takashi
AU - Ohta, Ken
AU - Kokuto, Hiroyuki
AU - Ogata, Hideo
AU - Tanaka, Yoshiaki
AU - Arakawa, Kenichi
AU - Shimoda, Masafumi
AU - Osawa, Takeshi
AU - Tateno, Hiroki
AU - Hase, Isano
AU - Yoshida, Shuichi
AU - Suzuki, Shoji
AU - Kawada, Miki
AU - Horinouchi, Hirohisa
AU - Saito, Fumitake
AU - Mitamura, Keiko
AU - Hagihara, Masao
AU - Ochi, Junichi
AU - Uchida, Tomoyuki
AU - Baba, Rie
AU - Arai, Daisuke
AU - Ogura, Takayuki
AU - Takahashi, Hidenori
AU - Hagiwara, Shigehiro
AU - Nagao, Genta
AU - Konishi, Shunichiro
AU - Nakachi, Ichiro
AU - Murakami, Koji
AU - Yamada, Mitsuhiro
AU - Sugiura, Hisatoshi
AU - Sano, Hirohito
AU - Matsumoto, Shuichiro
AU - Kimura, Nozomu
AU - Ono, Yoshinao
AU - Baba, Hiroaki
AU - Suzuki, Yusuke
AU - Nakayama, Sohei
AU - Masuzawa, Keita
AU - Namba, Shinichi
AU - Shiroyama, Takayuki
AU - Noda, Yoshimi
AU - Niitsu, Takayuki
AU - Adachi, Yuichi
AU - Enomoto, Takatoshi
AU - Amiya, Saori
AU - Hara, Reina
AU - Yamaguchi, Yuta
AU - Murakami, Teruaki
AU - Kuge, Tomoki
AU - Matsumoto, Kinnosuke
AU - Yamamoto, Yuji
AU - Yamamoto, Makoto
AU - Yoneda, Midori
AU - Tomono, Kazunori
AU - Kato, Kazuto
AU - Hirata, Haruhiko
AU - Takeda, Yoshito
AU - Koh, Hidefumi
AU - Manabe, Tadashi
AU - Funatsu, Yohei
AU - Ito, Fumimaro
AU - Fukui, Takahiro
AU - Shinozuka, Keisuke
AU - Kohashi, Sumiko
AU - Miyazaki, Masatoshi
AU - Shoko, Tomohisa
AU - Kojima, Mitsuaki
AU - Adachi, Tomohiro
AU - Ishikawa, Motonao
AU - Takahashi, Kenichiro
AU - Inoue, Takashi
AU - Hirano, Toshiyuki
AU - Kobayashi, Keigo
AU - Takaoka, Hatsuyo
AU - Watanabe, Kazuyoshi
AU - Miyazawa, Naoki
AU - Kimura, Yasuhiro
AU - Sado, Reiko
AU - Sugimoto, Hideyasu
AU - Kamiya, Akane
AU - Kuwahara, Naota
AU - Fujiwara, Akiko
AU - Matsunaga, Tomohiro
AU - Sato, Yoko
AU - Okada, Takenori
AU - Hirai, Yoshihiro
AU - Kawashima, Hidetoshi
AU - Narita, Atsuya
AU - Niwa, Kazuki
AU - Sekikawa, Yoshiyuki
AU - Nishi, Koichi
AU - Nishitsuji, Masaru
AU - Tani, Mayuko
AU - Suzuki, Junya
AU - Nakatsumi, Hiroki
AU - Ogura, Takashi
AU - Kitamura, Hideya
AU - Hagiwara, Eri
AU - Murohashi, Kota
AU - Okabayashi, Hiroko
AU - Mochimaru, Takao
AU - Nukaga, Shigenari
AU - Satomi, Ryosuke
AU - Oyamada, Yoshitaka
AU - Mori, Nobuaki
AU - Baba, Tomoya
AU - Fukui, Yasutaka
AU - Odate, Mitsuru
AU - Mashimo, Shuko
AU - Makino, Yasushi
AU - Yagi, Kazuma
AU - Hashiguchi, Mizuha
AU - Kagyo, Junko
AU - Shiomi, Tetsuya
AU - Fuke, Satoshi
AU - Saito, Hiroshi
AU - Tsuchida, Tomoya
AU - Fujitani, Shigeki
AU - Takita, Mumon
AU - Morikawa, Daiki
AU - Yoshida, Toru
AU - Izumo, Takehiro
AU - Inomata, Minoru
AU - Kuse, Naoyuki
AU - Awano, Nobuyasu
AU - Tone, Mari
AU - Ito, Akihiro
AU - Nakamura, Yoshihiko
AU - Hoshino, Kota
AU - Maruyama, Junichi
AU - Ishikura, Hiroyasu
AU - Takata, Tohru
AU - Odani, Toshio
AU - Amishima, Masaru
AU - Hattori, Takeshi
AU - Shichinohe, Yasuo
AU - Kagaya, Takashi
AU - Kita, Toshiyuki
AU - Ohta, Kazuhide
AU - Sakagami, Satoru
AU - Koshida, Kiyoshi
AU - Hayashi, Kentaro
AU - Shimizu, Tetsuo
AU - Kozu, Yutaka
AU - Hiranuma, Hisato
AU - Gon, Yasuhiro
AU - Izumi, Namiki
AU - Nagata, Kaoru
AU - Ueda, Ken
AU - Taki, Reiko
AU - Hanada, Satoko
AU - Kawamura, Kodai
AU - Ichikado, Kazuya
AU - Nishiyama, Kenta
AU - Muranaka, Hiroyuki
AU - Nakamura, Kazunori
AU - Hashimoto, Naozumi
AU - Wakahara, Keiko
AU - Koji, Sakamoto
AU - Omote, Norihito
AU - Ando, Akira
AU - Kodama, Nobuhiro
AU - Kaneyama, Yasunari
AU - Maeda, Shunsuke
AU - Kuraki, Takashige
AU - Matsumoto, Takemasa
AU - Yokote, Koutaro
AU - Nakada, Taka Aki
AU - Abe, Ryuzo
AU - Oshima, Taku
AU - Shimada, Tadanaga
AU - Harada, Masahiro
AU - Takahashi, Takeshi
AU - Ono, Hiroshi
AU - Sakurai, Toshihiro
AU - Shibusawa, Takayuki
AU - Kimizuka, Yoshifumi
AU - Kawana, Akihiko
AU - Sano, Tomoya
AU - Watanabe, Chie
AU - Suematsu, Ryohei
AU - Sageshima, Hisako
AU - Yoshifuji, Ayumi
AU - Ito, Kazuto
AU - Takahashi, Saeko
AU - Ishioka, Kota
AU - Nakamura, Morio
AU - Masuda, Makoto
AU - Wakabayashi, Aya
AU - Watanabe, Hiroki
AU - Ueda, Suguru
AU - Nishikawa, Masanori
AU - Chihara, Yusuke
AU - Takeuchi, Mayumi
AU - Onoi, Keisuke
AU - Shinozuka, Jun
AU - Sueyoshi, Atsushi
AU - Nagasaki, Yoji
AU - Okamoto, Masaki
AU - Ishihara, Sayoko
AU - Shimo, Masatoshi
AU - Tokunaga, Yoshihisa
AU - Kusaka, Yu
AU - Ohba, Takehiko
AU - Isogai, Susumu
AU - Ogawa, Aki
AU - Inoue, Takuya
AU - Fukuyama, Satoru
AU - Eriguchi, Yoshihiro
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AU - Kanaoka, Kensuke
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AU - Inoue, Yoshiaki
AU - Chiba, Shigeru
AU - Yamagata, Kunihiro
AU - Hiramatsu, Yuji
AU - Kai, Hirayasu
AU - Asano, Koichiro
AU - Oguma, Tsuyoshi
AU - Ito, Yoko
AU - Hashimoto, Satoru
AU - Yamasaki, Masaki
AU - Kasamatsu, Yu
AU - Komase, Yuko
AU - Hida, Naoya
AU - Tsuburai, Takahiro
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AU - Fukuta, Tetsuya
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AU - Yoshida, Shozo
AU - Ogura, Shinji
AU - Abe, Shinji
AU - Kono, Yuta
AU - Togashi, Yuki
AU - Takoi, Hiroyuki
AU - Kikuchi, Ryota
AU - Ogawa, Shinichi
AU - Ogata, Tomouki
AU - Ishihara, Shoichiro
AU - Kanehiro, Arihiko
AU - Ozaki, Shinji
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AU - Fujimoto, Nobukazu
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AU - Umeda, Akira
AU - Miyagawa, Kazuya
AU - Shimada, Hisato
AU - Endo, Mayu
AU - Ohira, Yoshiyuki
AU - Watanabe, Masafumi
AU - Inoue, Sumito
AU - Igarashi, Akira
AU - Sato, Masamichi
AU - Sagara, Hironori
AU - Tanaka, Akihiko
AU - Ohta, Shin
AU - Kimura, Tomoyuki
AU - Shibata, Yoko
AU - Tanino, Yoshinori
AU - Nikaido, Takefumi
AU - Minemura, Hiroyuki
AU - Sato, Yuki
AU - Yamada, Yuichiro
AU - Hashino, Takuya
AU - Shinoki, Masato
AU - Iwagoe, Hajime
AU - Takahashi, Hiroshi
AU - Fujii, Kazuhiko
AU - Kishi, Hiroto
AU - Kanai, Masayuki
AU - Imamura, Tomonori
AU - Yamashita, Tatsuya
AU - Yatomi, Masakiyo
AU - Maeno, Toshitaka
AU - Hayashi, Shinichi
AU - Takahashi, Mai
AU - Kuramochi, Mizuki
AU - Kamimaki, Isamu
AU - Tominaga, Yoshiteru
AU - Ishii, Tomoo
AU - Utsugi, Mitsuyoshi
AU - Ono, Akihiro
AU - Tanaka, Toru
AU - Kashiwada, Takeru
AU - Fujita, Kazue
AU - Saito, Yoshinobu
AU - Seike, Masahiro
AU - Watanabe, Hiroko
AU - Matsuse, Hiroto
AU - Kodaka, Norio
AU - Nakano, Chihiro
AU - Oshio, Takeshi
AU - Hirouchi, Takatomo
AU - Makino, Shohei
AU - Egi, Moritoki
AU - Omae, Yosuke
AU - Nannya, Yasuhito
AU - Ueno, Takafumi
AU - Takano, Tomomi
AU - Katayama, Kazuhiko
AU - Ai, Masumi
AU - Kumanogoh, Atsushi
AU - Sato, Toshiro
AU - Hasegawa, Naoki
AU - Tokunaga, Katsushi
AU - Ishii, Makoto
AU - Koike, Ryuji
AU - Kitagawa, Yuko
AU - Kimura, Akinori
AU - Imoto, Seiya
AU - Miyano, Satoru
AU - Ogawa, Seishi
AU - Kanai, Takanori
AU - Fukunaga, Koichi
AU - Okada, Yukinori
N1 - Publisher Copyright: © 2022, The Author(s).
PY - 2022/12
Y1 - 2022/12
N2 - Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is a recently-emerged infectious disease that has caused millions of deaths, where comprehensive understanding of disease mechanisms is still unestablished. In particular, studies of gene expression dynamics and regulation landscape in COVID-19 infected individuals are limited. Here, we report on a thorough analysis of whole blood RNA-seq data from 465 genotyped samples from the Japan COVID-19 Task Force, including 359 severe and 106 non-severe COVID-19 cases. We discover 1169 putative causal expression quantitative trait loci (eQTLs) including 34 possible colocalizations with biobank fine-mapping results of hematopoietic traits in a Japanese population, 1549 putative causal splice QTLs (sQTLs; e.g. two independent sQTLs at TOR1AIP1), as well as biologically interpretable trans-eQTL examples (e.g., REST and STING1), all fine-mapped at single variant resolution. We perform differential gene expression analysis to elucidate 198 genes with increased expression in severe COVID-19 cases and enriched for innate immune-related functions. Finally, we evaluate the limited but non-zero effect of COVID-19 phenotype on eQTL discovery, and highlight the presence of COVID-19 severity-interaction eQTLs (ieQTLs; e.g., CLEC4C and MYBL2). Our study provides a comprehensive catalog of whole blood regulatory variants in Japanese, as well as a reference for transcriptional landscapes in response to COVID-19 infection.
AB - Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is a recently-emerged infectious disease that has caused millions of deaths, where comprehensive understanding of disease mechanisms is still unestablished. In particular, studies of gene expression dynamics and regulation landscape in COVID-19 infected individuals are limited. Here, we report on a thorough analysis of whole blood RNA-seq data from 465 genotyped samples from the Japan COVID-19 Task Force, including 359 severe and 106 non-severe COVID-19 cases. We discover 1169 putative causal expression quantitative trait loci (eQTLs) including 34 possible colocalizations with biobank fine-mapping results of hematopoietic traits in a Japanese population, 1549 putative causal splice QTLs (sQTLs; e.g. two independent sQTLs at TOR1AIP1), as well as biologically interpretable trans-eQTL examples (e.g., REST and STING1), all fine-mapped at single variant resolution. We perform differential gene expression analysis to elucidate 198 genes with increased expression in severe COVID-19 cases and enriched for innate immune-related functions. Finally, we evaluate the limited but non-zero effect of COVID-19 phenotype on eQTL discovery, and highlight the presence of COVID-19 severity-interaction eQTLs (ieQTLs; e.g., CLEC4C and MYBL2). Our study provides a comprehensive catalog of whole blood regulatory variants in Japanese, as well as a reference for transcriptional landscapes in response to COVID-19 infection.
UR - http://www.scopus.com/inward/record.url?scp=85136225482&partnerID=8YFLogxK
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VL - 13
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